Hydrotermisen hallintajärjestelmän päätehtävänä on ylläpitää polttokennojärjestelmän lämpötasapainoa, ottaa talteen ylimääräinen lämpö ja suorittaa lisälämmitys polttokennojärjestelmän käynnistyessä varmistaakseen, että polttokennopinon sisäpuoli pääsee nopeasti sopiva lämpötila-alue ja varmistaa, että katodi on parhaalla työalueella anodin molemmilla puolilla.
Veden lämmönhallintajärjestelmä koostuu pääasiassa elektronisesta termostaatista, elektronisesta vesipumpusta, jäähdyttimestä, deionisoijasta ja paisuntasäiliöstä.
Elektronisen termostaatin tehtävänä on säätää jäähdytysjärjestelmän suuren ja pienen kierron vesivirtausta aukkoa säätämällä, jotta saavutetaan tarkka lämpötilan säätö.